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「流感計畫」超前部署兩年 西雅圖翻轉病毒監控,成新冠研究重鎮|城市圖書館

「流感計畫」超前部署兩年 西雅圖翻轉病毒監控,成新冠研究重鎮|城市圖書館
西雅圖流感研究大規模篩檢流感、新冠肺炎病例,分析病毒基因序列,成為新冠研究重要團隊。圖片來源:Public Health - Seattle & King County Facebook
2022-06-16
文・比爾・蓋茲(摘自《如何避免下一場大流行病》)
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2018年六月,一些人來到我的辦公室,提出一項名為「西雅圖流感研究」的三年計畫。

他們計劃在那年秋天,流感季節爆發之時,針對西雅圖地區志願者詢問關於自身健康的問題。受訪者若在過去七天內出現兩項以上的呼吸道症狀,就會被要求提供樣本,研究人員再針對樣本進行不同呼吸道疾病的檢測。(該計畫雖為流感研究,但檢測了26種病原)

大部分樣本來自醫院,這些醫院可能基於其他理由蒐集病患的樣本。在醫學研究中,這是常見做法:當你在醫院受檢,醫生會依據報告結果提供治療,但鼻腔拭子上的黏液可能留作他用。等移除關於個人的特定資料後,研究人員就能測試其他病原,了解社區情況。

只是生個病,你就能對科學有所貢獻。

西雅圖流感研究,是篩檢所有醫院和公共場所蒐集的樣本。只要有一個呈現陽性,此病例就會被標示在數位地圖上,這樣幾乎就可即時看到已知病例的所在地區。

接著,病毒樣本會再進入下一個步驟:科學家會研究病毒的基因碼,比對全球各地其他流感病毒的基因。

基因研究是西雅圖流感研究中最重要的部分,因為科學家可以從中了解不同病例之間的關聯,例如不同病毒株是如何進入城市?大學校園裡倘若爆發傳染病,會在社區中蔓延多廣?

西雅圖流感計畫,翻轉偵測和監控病毒的方法

西雅圖的科學家們一再遇到一個問題,那就是這類分析需要特定的體系架構,而美國卻缺乏這個架構中很關鍵的部分。

想想看我們是如何處理流感的。大部分自覺得到流感的人不會去看醫生,只會囤積藥局買到的感冒藥,或讓自己流汗把病毒逼出來。如果真的去就醫,醫生也只會憑症狀診斷,並不會做採檢。除非醫生所屬診所有參與流感通報計畫,否則病例並不會上報給衛生當局。

檢測量少會產生「漣漪效應」:定序的流感病毒樣本太少,經過定序的樣本也缺乏病患相關資料:他們住在哪、年紀多大等等。如果對提供樣本的人一無所知,根本無法釐清疾病源頭,或疾病如何從甲地擴散到乙地。

西雅圖流感研究就是要解決這個問題,不但要建立系統,篩檢大批志願者並定序大量病毒基因組,而且在保護當事人隱私的前提下,定序資料會連結到提供樣本者的資訊。該計畫會製作接近即時的市內流感地圖,這將顛覆既有的偵測與防堵疾病爆發工作。

SCAN-Seattle Flu Study-西雅圖流感研究-Covid-19-居家檢測-流感-智慧醫療西雅圖流感研究推出居家採樣方式,志願者更方便參與。圖片來源:SCAN網站

他們第二年又新增一個選項,讓參與者自行在家採樣,然後將樣本寄回。多虧了這個新方法,西雅圖流感研究成為全球首創一手包辦全套流程的醫學研究:志願者可在網路上訂篩檢包,寄送到家、自行採樣,寄回實驗室,然後收到結果。

2018和2019年,西雅圖流感研究篩檢了超過1萬1,000個流感病例,定序了超過2,300個流感病毒基因組,這是當時全世界所有流感基因組定序的六分之一。(延伸閱讀|快學英國!用「在家自主PCR」抓快篩偽陰黑數,疏通採檢人力瓶頸|李建璋專欄

到了2020年初,一切都改觀了。幾乎一夜之間,流感不再是我們最需要擔心的病毒。那些原本夜以繼日計劃、設計流感研究的科學家,把焦點轉向新冠病毒。

2020年三月,流感研究團隊與西雅圖所在的金郡(KingCounty)的公衛單位合作,建立了「西雅圖冠狀病毒評估網」(Seattle Coronavirus Assessment Network,簡稱SCAN)。

SCAN-Seattle Flu Study-KingCounty-Covid-19-新冠肺炎-新冠肺炎研究-確診地圖西雅圖流感研究團隊建立在地冠狀病毒評估網,每日篩檢、監測。圖片來源:截自SCAN網站

2020年三月到五月,SCAN團隊從志願者身上蒐集樣本,告知他們是否染上新冠肺炎,開始建立病例地圖,並確保確診樣本病毒經過定序分析。在這段時間裡,SCAN負責金郡高達四分之一的篩檢工作,他們建立的確診地圖也有助地方官員了解疾病最猖獗的地點。

後來這一年,團隊共完成了幾項成就:處理了將近4萬6,000個新冠肺炎篩檢,幾乎所有樣本都來自在家上網登記的民眾(公共場所裡的採樣站後來大多關閉了)。他們分析了將近4,000個新冠病毒的基因組序列,這是華盛頓州當年定序量的一半以上,他們也提供建議給波士頓和舊金山灣區試著啟動相似研究的團隊。(延伸閱讀|未來,會出現比新型冠狀病毒更危險的病原體嗎?

如何避免下一場大流行病:比爾‧蓋茲解析疫後新未來,傳染病預防、強化公衛、科技創新的契機

作者:比爾・蓋茲(Bill Gates) 出版社:天下雜誌 出版日期:2022/06/29

如何避免下一場大流行病:比爾‧蓋茲解析疫後新未來,傳染病預防、強化公衛、科技創新的契機

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